Les tout débuts du groupe se situent en 1989, dans le sud de la Floride (à Fort Lauderdale). Brian Warner, qui est alors journaliste dans une revue musicale locale, forme un groupe avec Scott Mitchell, un guitariste qui a déjà été dans cinq formations différentes. C'est à ce moment-là qu'ils changent leurs noms, respectivement en Marilyn Manson et Daisy Berkowitz. En fait Daisy s'occupe de tous les instruments utilisés (!).

En 1990, le groupe se fait appeler "Marilyn Manson and the Spooky Kids". Marilyn est au chant, Daisy à la lead guitare, Gidget Gein à la basse (qui remplace un certain Olivia Newton-Bundy), Madonna Wayne Gacy aux claviers (qui remplace un certain Zsa Zsa Speck), et ils utilisent en plus une boîte à rythmes. Ils ouvrent pour Nine Inch Nails, et Trent Reznor (le leader de Nine Inch Nails) est impressionné par ce jeune groupe et décide de les aider.

En 1991, Sara Lee Lucas, le batteur, remplace la vieille boîte à rythmes, et en 1992, le groupe change de nom pour devenir simplement "Marilyn Manson". Ils commencent à devenir connus dans les environs. Ils gagnent même deux prix de "Groupe de l'année" et "Meilleur groupe de hard alternatif" aux Slammie awards du sud de la Floride, en plus de nombreuses nominations dans les autres catégories. Les chansons telles que "Dope Hat", "Lunchbox" et "My Monkey" sont très appréciées.

1993 est une année bien remplie. Ils obtiennent un contrat chez Nothing Records, le label de Trent Reznor et ouvrent pour la tournée de NIN au printemps 1994. Ils travaillent sur leur premier album, "Portrait of an American Family" (qui sort le 12 Juillet 1994) dont le producteur est Trent Reznor.

A le fin de 1993, Gidget Gein est viré à cause de problèmes de drogue (Gidget est complètement accro à l'héroïne, et quand Manson s'en rend compte, il lui donne une chance de rester dans le groupe; mais Gidget est incapable d'arrêter l'héroïne et se fait donc virer). Twiggy Ramirez, déjà ami de Manson depuis quelques années, quitte son groupe "Amboog-A-Lard" pour rejoindre Marilyn Manson et devenir le nouveau bassiste.

1994 est l'année décisive pour Marilyn Manson. Les tournées avec NIN ("Self Destruct Tour") leur apportent une certaine renommée. Ils sont interdits de jouer à Salt Lake City (et même bannis), pour la première fois. Manson rencontre Dr. Anton Szandor LaVey, le fondateur de la "Church of Satan" (Eglise de Satan). Dr Lavey le nomme prêtre de cette Eglise (dont Kerry King de Slayer fait aussi partie), c'est pourquoi on l'appelle souvent le "Révérend Manson". (Depuis LaVey est mort.)

Au cours d'une tournée avec d'autres groupes, en 1995, le batteur Sara Lee Lucas est viré à cause de tensions avec Manson (il comprend qu'il doit partir lorsqu'à la fin de la tournée, Manson met le feu à la batterie et blesse Sara). Ginger Fish le remplace. Les difficultés rencontrées pendant les tournées (cette fois en tant que tête d'affiche) ne cessent de croître pour Marilyn Manson. Il va même en prison (pendant 16 heures seulement) pour avoir violé l'Adult Entertainment Code à cause d'une histoire de nudité à Jacksonville. Mais surtout, à peine est-il libéré que l'évènement le plus controversé de sa carrière se produit: la fameuse histoire du poulet. Apparemment, pendant la tournée, Manson jette un poulet dans la foule, mais malheureusement pour Manson, le poulet est récupéré par un membre de la PETA, la SPA américaine. De nombreuses rumeurs courent depuis cet évènement, en particulier les soi-disant sacrifices à Satan que ferait Manson sur scène.

Le 24 Octobre 1995 le groupe sort "Smells Like Children", qui n'est finalement que le maxi-single de "Dope Hat". Il est surtout composé de remix et de reprises, dont les fameux "Sweet Dreams (Are Made of This)" de Eurythmics et "Rock 'n' Roll Nigger" de Patti Smith. Grâce à "Sweet Dreams", Marilyn Manson se fait connaître chez les amateurs de rock industriel.

Ensuite Daisy, l'un des fondateurs, quitte le groupe à son tour, en 1996, pour entamer une carrière solo. En effet, il ne s'entend plus bien avec Manson, et se sent délaissé (le numéro 2 du groupe est désormais Twiggy pour Manson; de plus, de nombreuses chansons écrites par Daisy pour "Antichrist Superstar" sont refusées par Manson, sauf "Wormboy"; enfin, Manson assure lui-même la guitare sur quelques titres de l'album, à la place de Daisy...). Zim Zum est choisi parmi 150 prétendants pour le remplacer. Le 8 Octobre 1996 Marilyn Manson sort probablement son meilleur album, "Antichrist Superstar", sombre et heavy, et dont l'enregistrement s'est fait dans la douleur, dans une ambiance destructive et décadente (ceci est largement raconté dans le chapitre 15 de l'autobiographie). L'album débute à la 3ème position du Billboard américain, une vraie performance pour une musique aussi extrême, mais qui n'étonne pas Manson. C'est à ce moment-là que le groupe devient vraiment célèbre aux Etats-Unis: le single "The Beautiful People" est largement diffusé, et les T-shirts à l'effigie du groupe se multiplient. Pourtant la majorité du public le déteste, et les ventes sont relativement modestes (environ 3 millions de copies). On l'accuse d'avoir provoqué des suicides à cause des chansons "The Reflecting God" et "Man That You Fear" (notamment pour la parole "You can kill yourself now, because you're dead in my mind") mais il gagne ses procès... Pendant les deux tournées "Antichrist" et "Dead To The World", Manson accumule les procès et les annulations de concerts, avec de vraies manifestations anti-Manson organisées par des intégristes religieux (à voir sur le début de la vidéo "Dead to the World"). Le groupe sort le maxi-CD "Remix & Repent" le 25 Novembre 1997. Manson renforce aussi ses relations avec Billy Corgan des Smashing Pumpkins, avec même quelques concerts communs. Il y a aussi la collaboration avec le groupe techno The Sneaker Pimps pour la chanson "Long Hard Road out of Hell" qui figure sur la B.O. du film "Spawn".

1998 est une année très chargée. Manson publie son autobiographie, "The Long Hard Road out of Hell" et sort une vidéo très controversée, "Dead to the World" le 10 Février 1998. Zim Zum quitte le groupe le 18 Juillet 1998, après seulement deux années dans le groupe. On ne sait pas vraiment s'il s'est fait virer (Manson dit qu'il venait en répétition sans savoir les chansons...) ou s'il est parti de lui-même. C'est John Lowery (surnommé John 5), ancien guitariste de DLR Band et de Two, qui le remplace.

Peu après, le 15 Septembre 1998, le groupe sort son quatrième album, "Mechanical Animals" (bien qu'interdit de vente dans de nombreuses chaînes de magasins à cause de sa pochette provocante), très différent de "Antichrist Superstar", moins heavy et plus glam. C'est un succès: l'album débute directement à la 1ère place du Billboard. Manson change totalement de look (ainsi que tout le groupe d'ailleurs) et se fait appeler "Oméga". Quelques jours plus tard Daisy intente un procès au groupe et réclame de l'argent (des royalties impayées), en tant que membre fondateur.

Après la tournée mondiale, Marilyn Manson sort le 16 Novembre 1999 un album live, intitulé "The Last Tour on Earth" (en référence à la chanson "The Last Day on Earth" sur "Mechanical Animals"), agrémenté de quelques inédits, ainsi qu'une nouvelle vidéo, "God Is in the T.V." (en référence aux paroles de "Rock Is Dead"), qui regroupe notamment tous les clips du groupe.

Fin 1999, Marilyn Manson fait une conférence sur son site web et change à nouveau de look et de symbole (il utilise désormais celui du mercure). Il offre (sur Internet uniquement) un cadeau à ses fans pour le jour de la Saint-Valentin 2000: la reprise de "Sick City" de Charles Manson, chanson toute simple.
Depuis, Manson a décidé de ne communiquer que par Internet jusqu'à la sortie de son prochain album, "Holy Wood (In the Shadow of the Valley of Death)", initialement prévu pour Octobre 2000. Entre temps il a quand même créé son propre label, Posthuman Records sur lequel est signé le groupe Godhead, et s'est reconcilié avec Trent Reznor en co-dirigeant le clip "Starsuckers, Inc." et en faisant une apparition dans un concert de NIN. Plus de détails dans les news de Mai et de Juin 2000.
Enfin, même si ce n'est pas à proprement parler un album de Manson, un album-hommage est sorti le 30 Mai 2000; son titre est "Anthems of Rust & Decay - A Tribute to Marilyn Manson".

Après avoir été repoussé pour des raisons purement marketing, "Holy Wood (In the Shadow of the Valley of Death)" sort finalement le 14 Novembre 2000, précédé par le single "Disposable Teens" et son clip, ainsi que de nombreuses previews accessibles sur les sites-miroirs yourburningflag.com, thelovesong.com, cruci-fictioninspace.com, thelambofgod.com et thedeathsong.com. Une fois de plus, la pochette est très provocante puisqu'on y voit Manson crucifié et sans machoire. A cause de (grâce à?) Napster, l'album est disponible en mp3 longtemps avant sa sortie officielle, ce qui risque de réduire les ventes. D'ailleurs, il ne prend que la 13ème place du Billboard américain la première semaine. Cet album clôture la trilogie débutée en 1996 par "Antichrist Superstar" et poursuivie en 1998 avec "Mechanical Animals" (mais l'histoire se déroule dans le sens inverse, c'est donc "Holy Wood" qui raconte le début). Il est fortement influencé par le fameux assassinat de 1999 de Littleton où deux adolescents avaient fusillé 13 de leurs camarades dans leur lycée de Columbine High, avant de se suicider. Les médias et lobbies américains ont en effet tenté de faire de Manson le responsable de cet accident à cause de sa musique, de ses textes et de ses provocations jugés irresponsables et violents...

Manson participe ensuite à l'édition 2001 de l'Ozzfest, en compagnie notamment de Ozzy Osbourne et Slipknot. Et c'est le 30 Juillet à Détroit qu'un important incident arrive: au cours d'un concert, Manson se masturbe et s'amuse sur un agent de sécurité, qui n'apprécie pas du tout et porte plainte pour "agression sexuelle du 4ème degré exécuté sous la force". Manson risque (au maximum) deux ans de prison ferme...